醫(yī)院始建于1972年,前身為阜陽行署傳染病醫(yī)院。自上世紀80年代起,堅持走“大?？?、小綜合”的辦院之路, 1997年,在全國專科醫(yī)院中,首家按照綜合醫(yī)院標準,誦過二級甲等醫(yī)院評審,成為以“大?？?、小綜合“為特色的二級甲等綜合性醫(yī)院。本世紀初,發(fā)展為傳染病“強專科”和 其它多學(xué)科“大綜合”為特色的綜合性醫(yī)院。

        2011年3月, 晉升為安徽省首家、也是目前唯一一家三級甲等傳染病?？漆t(yī)院。同時,也昰安徽醫(yī)科大學(xué)阜陽臨床學(xué)院,蚌埠醫(yī)學(xué)院教學(xué)醫(yī)院,多項診療技術(shù)居阜陽市領(lǐng)先水平,是皖西北地區(qū)醫(yī)療、預(yù)防、教學(xué)、研究中心之一，醫(yī)療服務(wù)范圍輻射周邊省、市地區(qū)。年門急診總量達40余萬人次，住院病人達5余萬人次。